Ultrastrukturální změny chloroplastů zkoumáme s využitím metod transmisní elektronové mikroskopie, stereologie a dvojosé elektronové tomografie. Podílíme se tak na výzkumu, který zamýšlí objasnit podíl vlivu struktury a funkce mezofylu na různých hierarchických úrovních na fotosyntetické charakteristiky listoví smrku ztepilého a buku lesního v podmínkách zvýšené koncentrace oxidu uhličitého a různé ozářenosti, s cílem přispět k objasnění mechanismů fotosyntetické aklimace a poznatků o ukládání uhlíku v lese.

3D vizualizace chloroplastu buku získaná pomocí metody dvojosé elektronové tomografie. Tylakoidy jsou zobrazeny zeleně, škrobová zrna žlutě a tukové částice (plastoglobuly) hnědě. V chloroplastu je vidět kapsa naplněná cytoplasmou s mitochondrií zobrazenou modře. Příprava preparátů Dr. Radochová, snímání dat Dr. Bílý (PÚ AVČR), dvouosá tomografická rekonstrukce Ing. Michálek, 3D objemové modelování Dr. Janáček.