Prof. František Vyskočil obdržel 23. května 2016 Medaili Učené společnosti České republiky za zásluhy o rozvoj vědy. Učená společnost České republiky vznikla v roce 1994. Jejím cílem je sdružovat vědce, kteří působí v Česku i v zahraničí. Medaile a ceny udíli jednou ročně.