Intranet Areál web

Tomáš Čajka je spoluautorem unikátního softwaru pro analýzu komplexních lipidů v biologických vzorcích

Zpracování přístrojových souborů získaných během necílené metabolomické a lipidomické analýzy představuje náročný úkol. Odhaduje se, že lze anotovat pouze 20 procent signálů („features“) získaných během necílených metod využívajících kapalinovou chromatografii s hmotnostní spektrometrií (LC–MS). MS-DIAL představuje uživatelsky přívětivý software s otevřeným přístupem pro zpracování přístrojových souborů získaných během necílených metabolomických a lipidomických analýz. Nejnovější verze obsahuje atlas (databázi) 117 lipidových podtříd s predikovanými retenčními časy, tandemovými hmotnostně-spektrometrickými spektry (MS/MS) a kolizními průřezy (CCS) pro anotaci komplexních lipidů v biologických vzorcích. Použitím MS-DIAL 4 je dosaženo vyšší míry anotace komplexních lipidů v biologických vzorcích ve srovnání s jinými softwarovými programy v této oblasti, což umožňuje smysluplnější interpretaci dat.

H. Tsugawa, K. Ikeda, M. Takahashi, A. Satoh, Y. Mori, H. Uchino, N. Okahashi, Y. Yamada, I. Tada, P. Bonini, Y. Higashi, Y. Okazaki, Z. Zhou, Z.-J. Zhu, J. Koelmel, T. Cajka, O. Fiehn, K. Saito, M. Arita, M. Arita: A lipidome atlas in MS-DIAL 4. Nature Biotechnology 38 (2020) 1159–1163. IF = 36.558 DOI