Intranet Areál web

Biomatematika

Biomatematika Snímek embryonálního myšího srdce z optického tomografu, model kapilár složený z více konfokálních snímků potkaního mozku a snímek mozku bažanta pořízený magnetickou rezonancí.

Oddělení Biomatematiky se zabývá biologickým zobrazování a obrazovou analýzou.

Biologické zobrazování a obrazová analýza

zahrnuje výzkum 3D morfologických aspektů fyziologických procesů na mesoskopické, mikroskopické a ultrastrukturální úrovni. Oddělení spolupracuje na řadě takto zaměřených projektů jak v rámci Akademie věd ČR, tak i s jinými pracovišti. Další zájemce o spolupráci vítáme (kontakt: jiri.janacek@fgu.cas.cz).

AKTUÁLNÉ ŘEŠENÉ PROJEKTY

  • Diabetické změny struktury kapilární sítě a pojivové tkáně
  • Kvantifikace izolovaných pankreatických ostrůvků

TÉMATA DLOUHODOBÉHO ZÁJMU

  • Vývoj metod 3D analýzy obrazu a stereologických metod včetně implementace (např. původních metod 3D konfokální stereologie použitých pro objemovou analýzu lidských Langerhansových ostrůvků určených k transplantaci)
  • Zvyšování obrazového kontrastu optickou cestou (bez barvení vzorků) při mikroskopickém snímání živých buněk a tkání

OSTATNÍ PROJEKTY (výběr)

  • Vliv ionizujícího záření na kapilární krevní síť
  • Vliv zvýšené koncentrace CO2 na účinnost a ultrastrukturu fotosyntetického aparátu
  • Mechanismy zodpovědné za tvorbu extracellulárních bílkovin (kolagen a elastin)

ZOBRAZOVACÍ PROSTŘEDKY A POSTUPY

(původ zkratek viz anglická verze této webové stránky)

  • Laserová rastrovací konfokální mikroskopie
  • Mikroskopie s dvoufotonovou excitací
  • Mikroskopie s buzením druhé harmonické (SHG)
  • ‘Bílý‘ laser a hybridní detektory (mikroskop Leica TCS SP8 WLL MP)
  • Analýza obnovení fluorescenčního signálu po vysvícení (FRAP), Försterova rezonančního přenosu energie (FRET) a časových konstant fluorescence a fosforescence (FLIM a PLIM), včetně excitačně-emisních spekter (typu λ2)
  • Optická projekční tomografie (OPT)
  • Mikroskopie využívající osvit tenké vrstvy vzorku (SPIM)
  • Mikroskopie s fázovým, modulačním a interferenčním kontrastem

DOSTUPNÉ PROGRAMY A POSTUPY

  • Programy pro 3D analýzu obrazu, stereologii a prostorovou statistiku (Amira, Ellipse) rozšířené o původní metody; dekonvoluční programy (Huygens)
  • Optické/chemické projasňování pro OPT a SPIM

OTEVŘENÝ PŘÍSTUP K PŘÍSTROJOVÉMU VYBAVENÍ

Oddělení je zapojeno v projektu CzechBioimaging [1] podporujícího otevřený přístup ke svému vybavení a některým dalším přístrojům, např. konfokálnímu mikroskopu s Nipkowovým rotujícím diskem (“Carv II“) [2].

[1]      http://www.czech-bioimaging.cz/

[2]      http://www.fgu.cas.cz/en/articles/529-czech-bioimaging-2016-2019

 

Aktuální projekty

Úspěchy

Publikace

Vondrášek; David - Hadraba; Daniel - Přibyl; J. - Eckhardt; Adam - Ošťádal; M. - Lopot; F. - Jelen; K. - Doubková; Martina - Knitlová; Jarmila - Novotný; T. - Janáček; Jiří . Microstructural Analysis of Collagenous Structures in Relapsed Clubfoot Tissue . Microscopy and Microanalysis. 2023; 29(1); 265-272 . IF = 2.8 [ASEP] [ doi ]
Habart; D. - Koza; A. - Leontovyč; I. - Kosinová; L. - Berková; Z. - Kříž; J. - Zacharovová; K. - Brinkhof; B. - Cornelissen; D. J. - Magrane; N. - Bittenglová; K. - Čapek; Martin - Valečka; J. - Habartová; Alena - Saudek; F. IsletSwipe; a mobile platform for expert opinion exchange on islet graft images . Islets. 2023; 15(1)); 2189873 . IF = 2.2 [ASEP] [ doi ]
Ojha; Srikant - Přibyl; J. - Klimovič; Š. - Hadraba; Daniel - Jiroušková; Markéta - Gregor; Martin . Measurement of Liver Stiffness using Atomic Force Microscopy Coupled with Polarization Microscopy . Jove-Journal of Visualized Experiments. 2022; 20(185)); e63974 . IF = 1.2 [ASEP] [ doi ]
Novotný; T. - Eckhardt; Adam - Doubková; Martina - Knitlová; Jarmila - Vondrášek; David - Vanaskova; E. - Ošťádal; M. - Uhlík; J. - Bačáková; Lucie - Musílková; Jana . The possible role of hypoxia in the affected tissue of relapsed clubfoot . Scientific Reports. 2022; 12(1)); 4462 . IF = 4.6 [ASEP] [ doi ]
Gregorovičová; M. - Bartoš; M. - Jensen; B. - Janáček; Jiří - Minne; B. - Moravec; J. - Sedmera; David . Anguimorpha as a model group for studying the comparative heart morphology among Lepidosauria: Evolutionary window on the ventricular septation . Ecology and Evolution. 2022; 12(11)); e9476 . IF = 2.6 [ASEP] [ doi ]
Ďúranová; H. - Valková; V. - Olexiková; L. - Radochová; Barbora - Balazi; A. - Chrenek; P. - Vašíček; J. Rabbit Endothelial Progenitor Cells Derived From Peripheral Blood and Bone Marrow: An Ultrastructural Comparative Study . Microscopy and Microanalysis. 2022; 28(3); 756-766 . IF = 2.8 [ASEP] [ doi ]
Bačáková; Lucie - Novotná; Katarína - Hadraba; Daniel - Musílková; Jana - Slepička; P. - Beran; M. Influence of Biomimetically Mineralized Collagen Scaffolds on Bone Cell Proliferation and Immune Activation . Polymers. 2022; 14(3)); 602 . IF = 5.0 [ASEP] [ doi ]
Abbondanza; Alice - Bas; Irina Ribeiro - Modrák; Martin - Čapek; Martin - Minich; Jessica - Tyshkevich; Alexandra - Naser; Shahed - Rangotis; Revan - Houdek; Pavel - Sumová; Alena - Dumas; S. - Bernard; V. - Janíčková; Helena . Nicotinic Acetylcholine Receptors Expressed by Striatal Interneurons Inhibit Striatal Activity and Control Striatal-Dependent Behaviors . Journal of Neuroscience. 2022; 42(13); 2786-2803 . IF = 5.3 [ASEP] [ doi ]
Umek; N. - Janáček; Jiří - Cvetko; E. - Eržen; I. Horizontal deformation of skeletal muscle thick sections visualised by confocal microscopy . Journal of Microscopy. 2021; 282(2); 113-122 . IF = 1.952 [ASEP] [ doi ]
Skalický; D. - Koucký; V. - Hadraba; Daniel - Vítězník; M. - Dub; M. - Lopot; F. Detection of Respiratory Phases in a Breath Sound and Their Subsequent Utilization in a Diagnosis . Applied Sciences-Basel. 2021; 11(14)); 6535 . IF = 2.838 [ASEP] [ doi ]
Lopot; F. - Dub; M. - Flek; J. - Hadraba; Daniel - Havlíček; M. - Kučera; L. - Štoček; O. - Veselý; T. - Janáček; Jiří . Gearbox Mechanical Efficiency Determination by Strain Gauges Direct Application . Applied Sciences-Basel. 2021; 11(23)); 11150 . IF = 2.838 [ASEP] [ doi ]
Knitlová; Jarmila - Doubková; Martina - Plencner; Martin - Vondrášek; David - Eckhardt; Adam - Ošťádal; M. - Musílková; Jana - Bačáková; Lucie - Novotný; T. Minoxidil decreases collagen I deposition and tissue-like contraction in clubfoot-derived cells: a way to improve conservative treatment of relapsed clubfoot? . Connective Tissue Research. 2021; 62(5); 554-569 . IF = 3.342 [ASEP] [ doi ]
Jerman; A. - Janáček; Jiří - Snoj; Ž. - Umek; N. QUANTIFICATION OF THE INTERVENTIONAL APPROACHES INTO THE PTERYGOPALATINE FOSSA BY SOLID ANGLES USING VIRTUAL REALITY . Image Analysis and Stereology. 2021; 40(2); 63-69 . IF = 0.683 [ASEP] [ doi ]
Filová; Elena - Steinerová; Marie - Trávníčková; Martina - Knitlová; Jarmila - Musílková; Jana - Eckhardt; Adam - Hadraba; Daniel - Matějka; Roman - Pražák; Šimon - Štěpanovská; Jana - Kučerová; Johanka - Riedel; Tomáš - Brynda; Eduard - Lodererová; A. - Honsová; E. - Pirk; J. - Koňařík; M. - Bačáková; Lucie . Accelerated in vitro recellularization of decellularized porcine pericardium for cardiovascular grafts . Biomedical Materials. 2021; 16(2)); 025024 . IF = 4.103 [ASEP] [ doi ]
Čapek; Martin - Blažíková; M. - Novotný; I. - Chmelová; H. - Svoboda; D. - Radochová; Barbora - Janáček; Jiří - Horváth; O. THE WAVELET-BASED DENOISING OF IMAGES IN FIJI; WITH EXAMPLE APPLICATIONS IN STRUCTURED ILLUMINATION MICROSCOPY . Image Analysis and Stereology. 2021; 40(1); 3-16 . IF = 0.683 [ASEP] [ doi ]

Fotogalerie oddělení

Celá fotogalerie

Lidé

RNDr. Jiří Janáček, PhD.
vedoucí oddělení
Ing. Martin Čapek, PhD.
vědecký pracovník
RNDr. Barbora Radochová, PhD.
vědecký pracovník
Ing. Mgr. Daniel Hadraba, Ph.D.
postdoktorand

Mgr. David Vondrášek

technik mikroskopů

 

Davide Basello

odborný pracovník VaV

Ing. Jitka Čočková

projektový manažer