Jan Kopecký promoval v roce 1975 na Fakultě dětského lékařství Univerzity Karlovy v Praze a v roce 1978 na této univerzitě obhájil titul CSc.v oboru biochemie. Od roku 1978 je vědeckým pracovníkem ve Fyziologickém ústavu (FGÚ) Akademie věd České republiky v Praze. V roce 2001 mu Akademie věd udělila titul DrSc. Byl vedoucím (1992-2016) oddělení Biologie tukové tkáně ve Fyziologickém ústavu, kde od července 2015 působí jako ředitel. V této funkci se doposud zasloužil zejména o 1) zlepšení vnitroústavní vědecké komunikace, 2) nastavení dlouhodobého způsobu financování vědeckých oddělení z ústavních prostředků a 3) rozvoji spolupráce mezi vědci v FGÚ a v klinických výzkumných centrech, ve všech hlavních oblastech zájmu FGÚ, od kardiovaskulárního a metabolického výzkumu až po neurovědy.
Na počátku vědecké práce se Jan Kopecký věnoval studiu mechanizmů energetické přeměny v mitochondriích a tvorby tepla v hnědé tukové tkáni. Později se věnoval charakterizaci podstaty prospěšného působení omega-3 mastných kyselin, lipidů mořského původu, na obezitu a doprovodná onemocnění. Za výsledky v této oblasti obdržel v roce 2013 Cenu ministra školství mládeže a tělovýchovy.. V poslední době se Kopecký a jeho tým, “Energy Metabolism Unit” v Laboratoři biologie tukové tkáně věnují charakterizaci různých systémových rolí bílé tukové tkáně a postnatálních změn energetického metabolizmu svalu, zejména ve vtahu k termogenezi.
Jan Kopecký absolvoval několika dlouhodobých pobytů na řadě vynikajích pracovišť v cizině, včetně Department of Biochemistry of the University of Ottawa v Kanadě, Wenner-Gren Institute of the University of Stockholm ve Švédsku, Department of Biochemistry of the University of Bari v Itálii, Roche Institute of Molecular Biology v Nutley (NJ) v USA a Jackson Laboratory v Bar Harbor (ME) v USA.
Jan Kopecký působil jako International Research Scholar of the Howard Hughes Medical Institute, USA (1995-2000), jako spoluprezident 13th European Congress on Obesity (2004) a zůčastnil se několika prestižních projektů, které byly financovány z grantů od March of Dimes Birth Defects Foundation (USA), the Wellcome Trust (UK) a EU (FP6: EXGENESIS a EARNEST a FP7: BIOCLAIMS a DIABAT). Od roku 2022 je koordinátorem oblasti metabolizmu v Národním ústavu metabolických a kardiovaskulárních onemocnění (https://cardia.ikem.cz/).
