Biomatematika

Biomatematika - bg 3

Na této straně najdete

Biomatematika - obrazek2

Snímek embryonálního myšího srdce z optického tomografu, model kapilár složený z více konfokálních snímků potkaního mozku a snímek mozku bažanta pořízený magnetickou rezonancí.

O oddělení

Oddělení Biomatematiky se zabývá biologickým zobrazování a obrazovou analýzou.

Biologické zobrazování a obrazová analýza
zahrnuje výzkum 3D morfologických aspektů fyziologických procesů na mesoskopické, mikroskopické a ultrastrukturální úrovni. Oddělení spolupracuje na řadě takto zaměřených projektů jak v rámci Akademie věd ČR, tak i s jinými pracovišti. Další zájemce o spolupráci vítáme (kontakt: jiri.janacek@fgu.cas.cz).

Aktuálně řešené projekty

  • Diabetické změny struktury kapilární sítě a pojivové tkáně
  • Kvantifikace izolovaných pankreatických ostrůvků

TÉMATA DLOUHODOBÉHO ZÁJMU

  • Vývoj metod 3D analýzy obrazu a stereologických metod včetně implementace (např. původních metod 3D konfokální stereologie použitých pro objemovou analýzu lidských Langerhansových ostrůvků určených k transplantaci)
  • Zvyšování obrazového kontrastu optickou cestou (bez barvení vzorků) při mikroskopickém snímání živých buněk a tkání

OSTATNÍ PROJEKTY (výběr)

  • Vliv ionizujícího záření na kapilární krevní síť
  • Vliv zvýšené koncentrace CO2 na účinnost a ultrastrukturu fotosyntetického aparátu
  • Mechanismy zodpovědné za tvorbu extracellulárních bílkovin (kolagen a elastin)

ZOBRAZOVACÍ PROSTŘEDKY A POSTUPY

(původ zkratek viz anglická verze této webové stránky)

  • Laserová rastrovací konfokální mikroskopie
  • Mikroskopie s dvoufotonovou excitací
  • Mikroskopie s buzením druhé harmonické (SHG)
  • ‘Bílý‘ laser a hybridní detektory (mikroskop Leica TCS SP8 WLL MP)
  • Analýza obnovení fluorescenčního signálu po vysvícení (FRAP), Försterova rezonančního přenosu energie (FRET) a časových konstant fluorescence a fosforescence (FLIM a PLIM), včetně excitačně-emisních spekter (typu λ2)
  • Optická projekční tomografie (OPT)
  • Mikroskopie využívající osvit tenké vrstvy vzorku (SPIM)
  • Mikroskopie s fázovým, modulačním a interferenčním kontrastem

DOSTUPNÉ PROGRAMY A POSTUPY

  • Programy pro 3D analýzu obrazu, stereologii a prostorovou statistiku (Amira, Ellipse) rozšířené o původní metody; dekonvoluční programy (Huygens)
  • Optické/chemické projasňování pro OPT a SPIM

OTEVŘENÝ PŘÍSTUP K PŘÍSTROJOVÉMU VYBAVENÍ

Oddělení je zapojeno v projektu CzechBioimaging [1] podporujícího otevřený přístup ke svému vybavení a některým dalším přístrojům, např. konfokálnímu mikroskopu s Nipkowovým rotujícím diskem (“Carv II“) [2].

[1] http://www.czech-bioimaging.cz/

[2] http://www.fgu.cas.cz/en/articles/529-czech-bioimaging-2016-2019

Úspěchy

Bylo identifikováno nové vazebné místo pro kalmodulin (CaM) a S100A1 u TRPM4, nachází na distální části N-konce.

The TRPs channels N-and C- tails contain a number of conserved epitopes that specifically bind the intracellular modulators. It was identified new binding sites for the calmodulin (CaM) and S100A1, located in the very distal part of the TRPM4 N-terminus. We have used chemically synthesised peptides of the TRPM4, mimicking the binding epitopes, along with fluorescence methods to determine and specify CaM- and S100A1- binding sites. It was recognized that the ligands binding epitopes at the TRPM4 N-terminus overlap, but the interacting mechanism of both complexes is probably different. The molecular models supported by data from the fluorescence method confirmed that the complexes formations are mediated by the positively charged (R139, R140, R144) and hydrophobic (L134, L138, V143) residues present at the TRPM4 N-terminus binding epitopes. The data suggest that the molecular complexes of TRPM4/CaM and TRPM4/ S100A1 would lead to the modulation of the channel functions.

It was also investigated in silico whether TRPM4_CT can bind either Calmodulin (CaM) or S100A1. In canonical Ca2+-CaM peptide complexes, the peptide is anchored through interactions of two large hydrophobic residues to one of each Ca2+-CaM lobe. The N-terminal anchor forms extensive hydrophobic contacts with the surrounding residues of F92, L105, M124 and M144, lining a deep hydrophrobic pocket in the Ca2+-CaM C-lobe. These four residues form the tetrad. Similarly, there is tetrad in the Ca2+-CaM N-lobe formed by F19, L32, M51 and M71. The relative sequence position of the anchor residues defines the binding mode of Ca2+-CaM-peptide complexes. We searched the PDB and selected representative structures representing various canonical binding motifs (1-5-10, 1-8-14, 1-10, 1-14, etc.). The TRPM4_CT peptide contains several 1-10 motifs and thus it is possible to model its binding to Ca2+-CaM. However, in the context of the entire TRPM4, it has to be taken into account that the hydrophobic amino acids from the N-terminus of TRPM4_CT, are in close contacts with the sensor domain formed by helices S1-S4. Therefore, it can not be ruled out that the TRP re-entrant (TRPM4_CT) is bound to calmodulin by only one CaM lobe. It opens the possibility that CaM could stimulate the oligomerization of TRP ion channels. Alternatively, CaM (and S100A1) could stimulate dislocation of the TRP re-entrant segment from the S1-S4 sensor. Then, CaM and S100A1 comparing to PIP2 would appear to have exactly the opposite effects on gating of TRPM channels.

Měření objemu Langerhansových ostrůvků pomocí optické projekční tomografie a metody Fakír Více

Podrobně viz anglická verze této webové stránky.

Details are to be found in the English version of this website.

Podrobně viz anglická verze této webové stránky.

Details are to be found in the English version of this website.

Na úrovni ultrastruktury chloroplastu zkoumáme vliv zvýšené koncentrace CO2 a ozářenosti na strukturu a funkci fotosyntetického aparátu dřevin.

Ultrastrukturální změny chloroplastů zkoumáme s využitím metod transmisní elektronové mikroskopie, stereologie a dvojosé elektronové tomografie. Podílíme se tak na výzkumu, který zamýšlí objasnit podíl vlivu struktury a funkce mezofylu na různých hierarchických úrovních na fotosyntetické charakteristiky listoví smrku ztepilého a buku lesního v podmínkách zvýšené koncentrace oxidu uhličitého a různé ozářenosti, s cílem přispět k objasnění mechanismů fotosyntetické aklimace a poznatků o ukládání uhlíku v lese.

Biomatematika - chloroplasty jehlice

3D vizualizace chloroplastu buku získaná pomocí metody dvojosé elektronové tomografie. Tylakoidy jsou zobrazeny zeleně, škrobová zrna žlutě a tukové částice (plastoglobuly) hnědě. V chloroplastu je vidět kapsa naplněná cytoplasmou s mitochondrií zobrazenou modře. Příprava preparátů Dr. Radochová, snímání dat Dr. Bílý (PÚ AVČR), dvouosá tomografická rekonstrukce Ing. Michálek, 3D objemové modelování Dr. Janáček.

Vyvinuli jsme algoritmus pro lícování následných fyzických mikroskopických řezů s trhlinami, založený na iterativním řešení úlohy, duální k minimalizaci L1-TV funkcionálu, metodou subgradientů.

 

Michálek, J. – Čapek, M.: A piecewise monotone subgradient algorithm for accurate L1 -TV based registration of physical slices with discontinuities in microscopy. IEEE Transactions on Medical Imaging (2013)

Krevní vlásečnice studujeme pomocí metod stereologie a 3D analýzy obrazu.

Ve spolupráci s týmem, vedeným Dr. Mao (Department of Radiation Medicine, Loma Linda University, CA, USA), studujeme účinky radiačního záření na krevní vlásečnice v různých tkáních a orgánech, zejména v souvislosti s terapií a prognózou při léčbě rakoviny.

Biomatematika - 1 vaskulatura

A) Objemové ztvárnění složeného snímku (70 konfokálních sérií – 10 řad × 7 sloupců, 1762×2519×80 µm) a B) povrchové ztvárnění cylindrického modelu kapilár. Snímky byly pořízeny z perfuzně obarvených vzorků potkaního mozku. C–E) Lokální měření obrázků A, B. Obraz byl měřen v 6×9 překrývajících se pravoúhlých oblastech a výsledky měření byly vyjádřeny stupni šedi (černá je minimum – 0). C) Délková hustota, maximum je 695 mm-2, D) anizotropie (možné hodnoty 0 až 1), maximum je 0.74, E) průměrná délka kapilár, maximum je 0.7 mm.

Publikace

Habart; D. - Koza; A. - Leontovyč; I. - Kosinová; L. - Berková; Z. - Kříž; J. - Zacharovová; K. - Brinkhof; B. - Cornelissen; D. J. - Magrane; N. - Bittenglová; K. - Čapek; Martin - Valečka; J. - Habartová; Alena - Saudek; F. IsletSwipe; a mobile platform for expert opinion exchange on islet graft images. Islets. 2023; 15(1)); 2189873.

IF = 2.2

Holendová; Blanka - Benáková; Štěpánka - Křivonosková; Monika - Pavluch; Vojtěch - Tauber; Jan - Gabrielová; E. - Ježek; Petr - Plecitá-Hlavatá; Lydie NADPH oxidase 4 in mouse ? cells participates in inflammation on chronic nutrient overload. Obesity. 2024; 32(2); 339-351.

IF = 6.9

Olejníčková; Veronika - Hamor; P. U. - Janáček; Jiří - Bartoš; M. - Zábrodská; E. - Šaňková; B. - Kvasilová; A. - Kolesová; Hana - Sedmera; David Development of ventricular trabeculae affects electrical conduction in the early endothermic heart. Developmental Dynamics. 2024; 253(1); 78-90.

IF = 2.5

Ojha; Srikant - Přibyl; J. - Klimovič; Š. - Hadraba; Daniel - Jiroušková; Markéta - Gregor; Martin Measurement of Liver Stiffness using Atomic Force Microscopy Coupled with Polarization Microscopy. Jove-Journal of Visualized Experiments. 2022; 20(185)); e63974.

IF = 1.2

Gregorovičová; M. - Bartoš; M. - Jensen; B. - Janáček; Jiří - Minne; B. - Moravec; J. - Sedmera; David Anguimorpha as a model group for studying the comparative heart morphology among Lepidosauria: Evolutionary window on the ventricular septation. Ecology and Evolution. 2022; 12(11)); e9476.

IF = 2.6

Bačáková; Lucie - Novotná; Katarína - Hadraba; Daniel - Musílková; Jana - Slepička; P. - Beran; M. Influence of Biomimetically Mineralized Collagen Scaffolds on Bone Cell Proliferation and Immune Activation. Polymers. 2022; 14(3)); 602.

IF = 5.0

Lidé

Vedoucí oddělení

Vedoucí oddělení
Tel: 2768
Email: jiri.janacek@fgu.cas.cz

Zástupce vedoucího oddělení

Pracovníci oddělení

Odborný pracovník VaV
Tel: 2274
Email: Davide.Basello@fgu.cas.cz
Samostatný referent
Tel: 2492
Email: jitka.cockova@fgu.cas.cz
Vědecký asistent
Tel: 2314
Email: daniel.hadraba@fgu.cas.cz
Odborný pracovník SŠ, VOŠ - technik
Tel: 3769
Email: jan.hadraba@fgu.cas.cz
Vědechý asistent
Tel: 3769
Email: barbora.radochova@fgu.cas.cz
Odborný pracovník VaV
Tel: 2274
Email: david.vondrasek@fgu.cas.cz