Metabolismus bioaktivních lipidů
Oddělení se zaměřuje na analýzu lipidových mediatorů (eikosanoidů, docosanoidů, endocannabinoidů) v tukové tkáni pomocí metody UPLC-MS/MS, především na identifikaci zdroje produkce jednotlivých mediátorů a jejich vliv na metabolismus a zánětlivé vlastnosti buněk tukové tkáně (adipocyty vs. makrofágy). V současné době zkoumá antidiabetické lipidy z rodiny větvených esterů hydroxymastných kyselin. Dále jsou rozvíjeny nové metody pro studování metabolismu a metabolických drah pomocí platformy LIMeX.
V případě zájmu o Bc., Mgr., Ing. nebo Ph.D. práci v oblasti biochemie, analytické chemie, fyziologie nebo příbuzných oborů pošlete, prosím, email ohledně možných témat a jejich vypsání. Témata se dynamicky mění.
GTTAtlas - interaktivní metabolomický a lipidomický atlas myších tkání během orálního glukózového tolerančního testu (OGTT).
MetaboAtlas21 - zevrubný atlas myšího metabolomu a lipidomu.
LORA - a Lipid Over-Representation Analysis tool.
Téma bakalářské práce: Analýza vzniku ketolátek během lipogeneze pomocí LC-MS (PřF UK 2022/2023+, Analytická chemie)
Téma diplomové práce: Analýza vzniku a metabolismu ketolátek pomocí LC-MS (PřF UK 2022/2023+, Analytická chemie)
Aktuální projekty
Software:
GTTAtlas
MetaboAtlas21
Mapper
Reaction network viewer
LORA
a výběr speciálních metod z oblasti metabolomiky, lipidomiky a fluxomiky.
Více
Bílá tuková tkáň (WAT) je komplexní endokrinní orgán a subklinický zánět této tkáně během obezity přispívá s rozvoji metabolických onemocnění. V roce 2014 byla objevena nová třída lipidových mediátorů pocházejících z WAT – větvené estery oxidovaných mastných kyselin (FAHFA). FAHFA jsou endogenní lipidy s protizánětlivými a antidiabetickými vlastnostmi, včetně zvýšení glukózové tolerance a sekrece inzulínu a glukagonu podobného peptidu 1 (GLP-1) při současném snížení zánětlivých odpovědí [1-5].
Více
Přirozeně se vyskytující omega-3 PUFA s dlouhým řetězcem, jmenovitě kyselina eikosapentaenová (EPA; 20: 5 co-3), kyselina dokosapentaenová (DPA; 22: 5 co-3) a kyselina dokosahexaenová (DHA; 22: 6 co-3) vykazují více biologických účinků ...
Více
Naše laboratoř se účastní projektu Otevřená věda s projekty...
Více
We run local instances of several services focused on Metabolomics, Lipidomics, Statistical analysis and Chemometrics. As the hardware resources are limited, these tools are available only within campus LAN.
Více
MetaboAnalyst is a great tool for analysis of metabolomics data. Here are some tips how to install MetaboAnalyst locally on a linux workstation. Such installation could be tailored to meet individual requirements (default setting, fonts, etc.).
Starting point is a runnig installation of Ubuntu 18.04.3 LTS.
Více
CRediT (Contributor Roles Taxonomy) is high-level taxonomy, including 14 roles, that can be used to represent the roles typically played by contributors to scientific scholarly output. The roles describe each contributor’s specific contribution to the scholarly output. This web tool helps to summarize contributions of individual authors and prepare the Author contributions paragraph for a scientific journal.
Více
Cílem projektu je zkoumání struktury, mechanismů, protizánětlivých a protidiabetických vlastností nových lipokinů – větvených esterů oxidovaných mastných kyselin odvozených od vícenenasycených mastných kyselin rodiny n-3 (omega-3) pomocí modelů obezity a zánětu.
Více
Obezita je asociována se zvýšeným rizikem rozvoje metabolického syndromu, diabetu druhého typu a kardiovaskulárních chorob. Tuková tkáň významně ovlivňuje celotělové zpracovávání sacharidů a lipidů, čehož se účastní i lipidové mediátory větvených esterů mastných kyselin (FAHFA), které ovlivňují příjem glukózy a citlivost k inzulínu cílových tkání. Naším cílem je identifikovat metabolické dráhy na pomezí syntézy lipidů a antioxidační obrany zapojené do tvorby FAHFA, prozkoumat substrátovou specificitu kandidátního enzymu a zavést metodiku pro kvantifikaci metabolických toků skrze redoxní reakce propojující centrální metabolismus uhlíku a reduktivní biosyntézu poháněnou nikotinamidadeninovými kofaktory.
Více
Úspěchy
Více
Grant GA20-00317S Nové metabolické dráhy syntézy antidiabetických lipokinů (2020-2022) byl udělen naší laboratoři.
Více
Akademie věd ČR rozjíždí velkorysý program dotací pro úspěšné vědce a vědkyně mladší a střední generace s mezinárodními zkušenostmi. Prémie Lumina quaeruntur finančně podpoří perspektivní badatele, kteří si můžou sestavit svůj vlastní výzkumný tým na dobu až pěti let. Akademie věd představila program i jeho prvních šest laureátů na slavnostním ceremoniálu na Národní třídě ve čtvrtek 17. ledna.
Prvními nositeli stipendia je šest vědců z různorodých oborů, přičemž šanci mají i zahraniční vědci, kteří působí v rámci Akademie věd ČR. Mezi oceněnými je i Ondřej Kuda, specialista na metabolismus bioaktivních lipidů, který úzce souvisí s výzkumem cukrovky 2. typu.
Lumina Quaeruntur
Více
Publikace
Martínez-Ramírez; Felipe - Riečan; Martin - Čajka; Tomáš - Kuda; Ondřej
.
Analysis of fatty acid esters of hydroxy fatty acids in edible mushrooms
.
LWT-Food Science and Technology. 2023; 173(1 Jan)); 114311
.
IF = 6.0
[ASEP]
[
doi
]
Hricko; Jiří - Rudl Kulhavá; Lucie - Paučová; Michaela - Nováková; Michaela - Kuda; Ondřej - Fiehn; O. - Čajka; Tomáš
.
Short-Term Stability of Serum and Liver Extracts for Untargeted Metabolomics and Lipidomics
.
Antioxidants. 2023; 12(5)); 986
.
IF = 7.0
[ASEP]
[
doi
]
Čajka; Tomáš - Hricko; Jiří - Rudl Kulhavá; Lucie - Paučová; Michaela - Nováková; Michaela - Kuda; Ondřej
.
Optimization of Mobile Phase Modifiers for Fast LC-MS-Based Untargeted Metabolomics and Lipidomics
.
International Journal of Molecular Sciences. 2023; 24(3)); 1987
.
IF = 5.6
[ASEP]
[
doi
]
Štěpán; M. - Daďová; K. - Matouš; M. - Krauzová; E. - Sontáková; L. - Koc; M. - Larsen; T. - Kuda; Ondřej - Štich; V. - Rossmeislová; L. - Šiklová; M.
Exercise Training Combined with Calanus Oil Supplementation Improves the Central Cardiodynamic Function in Older Women
.
Nutrients. 2022; 14(1)); 149
.
IF = 5.9
[ASEP]
[
doi
]
Riečan; Martin - Palůchová; Veronika - Lopes; Magno - Brejchová; Kristýna - Kuda; Ondřej
.
Branched and linear fatty acid esters of hydroxy fatty acids (FAHFA) relevant to human health
.
Pharmacology and Therapeutics. 2022; 231(Mar)); 107972
.
IF = 13.5
[ASEP]
[
doi
]
Palůchová; Veronika - Čajka; Tomáš - Durand; T. - Vigor; C. - Dodia; Ch. - Chatterjee; S. - Fisher; A. B. - Kuda; Ondřej
.
The role of peroxiredoxin 6 in biosynthesis of FAHFAs
.
Free Radical Biology and Medicine. Part 2; 193(Nov 20 (2022))
.
IF = 7.4
[ASEP]
[
doi
]
Oeckl; J. - Janovská; Petra - Adamcová; Kateřina - Bardová; Kristina - Brunner; S. - Dieckmann; S. - Ecker; J. - Fromme; T. - Funda; Jiří - Gantert; T. - Giansanti; P. - Soledad Hidrobo; M. - Kuda; Ondřej - Kuster; B. - Li; Y. - Pohl; Radek - Schmitt; S. - Schweizer; S. - Zischka; H. - Zouhar; Petr - Kopecký; Jan - Klingenspor; M.
Loss of UCP1 function augments recruitment of futile lipid cycling for thermogenesis in murine brown fat
.
Molecular Metabolism. 2022; 61(July)); 101499
.
IF = 8.1
[ASEP]
[
doi
]
Fisk; H. L. - Childs; C. E. - Miles; E. A. - Ayres; R. - Noakes; P. S. - Paras-Chavez; C. - Kuda; Ondřej - Kopecký; Jan - Antoun; E. - Lillycrop; K. A. - Calder; P. C.
Modification of subcutaneous white adipose tissue inflammation by omega-3 fatty acids is limited in human obesity-a double blind; randomised clinical trial
.
EBioMedicine. 2022; 77(Mar)); 103909
.
IF = 11.1
[ASEP]
[
doi
]
Cifarelli; V. - Kuda; Ondřej - Yang; K. - Liu; XP. - Gross; R. W. - Pietka; T. A. - Heo; G. S. - Sultan; D. - Luehmann; H. - Lesser; J. - Ross; M. - Goldberg; I. J. - Gropler; R. J. - Liu; Y. - Abumrad; N. A.
Cardiac immune cell infiltration associates with abnormal lipid metabolism
.
Frontiers in Cardiovascular Medicine. 2022; 9(Aug 17)); 948332
.
IF = 3.6
[ASEP]
[
doi
]
Castillo; P. - Kuda; Ondřej - Kopecký; Jan - Pomar; C. A. - Palou; A. - Palou; M. - Picó; C.
Reverting to a Healthy Diet during Lactation Normalizes Maternal Milk Lipid Content of Diet-Induced Obese Rats and Prevents Early Alterations in the Plasma Lipidome of the Offspring
.
Molecular Nutrition & Food Research. 2022; 66(17)); 2200204
.
IF = 5.2
[ASEP]
[
doi
]
Brejchová; Kristýna - Palůchová; Veronika - Březinová; Marie - Čajka; Tomáš - Balas; L. - Durand; T. - Křížová; M. - Straňák; Z. - Kuda; Ondřej
.
Triacylglycerols containing branched palmitic acid ester of hydroxystearic acid (PAHSA) are present in the breast milk and hydrolyzed by carboxyl ester lipase
.
Food Chemistry. 2022; 388(Sep 15)); 132983
.
IF = 8.8
[ASEP]
[
doi
]
Sistilli; Gabriella - Kalendová; Veronika - Čajka; Tomáš - Irodenko; Ilaria - Bardová; Kristina - Oseeva; Marina - Žáček; P. - Kroupová; Petra - Horáková; Olga - Lackner; K. - Gastaldelli; A. - Kuda; Ondřej - Kopecký; Jan - Rossmeisl; Martin
.
Krill Oil Supplementation Reduces Exacerbated Hepatic Steatosis Induced by Thermoneutral Housing in Mice with Diet-Induced Obesity
.
Nutrients. 2021; 13(2)); 437
.
IF = 6.706
[ASEP]
[
doi
]
Lopes; Magno Alves - Brejchová; Kristýna - Riečan; Martin - Nováková; Michaela - Rossmeisl; Martin - Čajka; Tomáš - Kuda; Ondřej
.
Metabolomics atlas of oral 13C-glucose tolerance test in mice
.
Cell Reports. 2021; 37(2)); 109833
.
IF = 9.995
[ASEP]
[
doi
]
Leal; L. G. - Lopes; Magno Alves - Peres; S. B. - Batista; M. L.; Jr.
Exercise Training as Therapeutic Approach in Cancer Cachexia: A Review of Potential Anti-inflammatory Effect on Muscle Wasting
.
Frontiers in physiology. 2021; 11(Feb 4)); 570170
.
IF = 4.755
[ASEP]
[
doi
]
Jacome-Sosa; M. - Miao; Z.-F. - Peche; V. S. - Morris; E. F. - Narendran; R. - Pietka; K. M. - Samovski; D. - Lo; H.-Y. G. - Pietka; T. - Varro; A. - Love-Gregory; L. - Goldenring; J. R. - Kuda; Ondřej - Gamanzon; E. R. - Mills; J. C. - Abumrad; N. A.
CD36 maintains the gastric mucosa and associates with gastric disease
.
Communications Biology. 2021; 4(1)); 1247
.
IF = 6.548
[ASEP]
[
doi
]
Zobrazit více
Zobrazit více
Kristyna Magno Ondrej Veronika Marina
Speedvac
Growing cells
QTRAP 5500 / SelexION
Growing cells
Solid Phase Extraction
